Уигън Атлетик е основан през 1932 г., след разпадането на Уигън Бороу предходната година. Създаването на Уигън Атлетик е петият опит да се сформира стабилен футболен клуб в града, след разпадането на Уигън Каунти, Уигън Юнайтед, Уигън Таун, Уигън Роувърс и Уигън Бороу.
Най-големият успех в началото на съществуването му е победата над Карлайл Юнайтед с 6-1. С това клубът поставя рекорд за най- голяма победа на тим непринадлежащ към лигата.
През 1950 се приближават до избиране във Футболната лига, но Скънторп Юнайтед получава повече гласове. През 1953-54 Уигън играят в мач от ФА Къп срещу Хеърфорд Юнайтед пред публика от 27 526 души. Това е рекорд за клуба и за мач между отбори извън професионалната лига.
През 1995 местният милионер Дейвид Уилън купува клуба, който тогава играе в Трета дивизия, с целта да го доведе до Премиършип. Първата стъпка към мечтата си клуба прави през 1997 , когато печели промоция за втора дивизия под ръководството на мениджъра Джон Диън. Заместникът му Рей Матиас помага на тима да стигне до плейофите на Втора дивизия през 1999. Но отбора губи с 2-1 от Манчестър Сити. Тази загуба кара Уилън да уволни Матиас. На негово място идва Джон Бенсън. Сезонът завършва със загубата на Уигън от Джилингам с 3-2. Стив Брус заема поста му, но това не помага на отбора, който отново отпада от плейофите, този път от Рединг.
През 2001 бившият играч Пол Джуъл поема длъжността мениджър и след силен първи сезон, Уигън печели купата на Втора дивизия с пълния брой от 100 точки. През сезон 2003-04 клубът завършва на 7-мо място в Първа дивизия.
Следващият сезон е успешен за Уигън, който си спечелва издигане до Премиършип, след като завършва на второ място в Чемпиъншип, след отбора на Съндърланд.
Първият мач от Премиършип е срещу Челси. В 92-рата минута Ернан Креспо отбелязва гол, който носи победата на Челси. През сезон 2005-06 Уигън успяват да победят Съндърланд, съседите от манчестър Сити и Астън Вила. Успяват да се задържат в първите 10 от Висшата лига.
Изкачването на Уигън до Премиършип е следено от близо от английските медии, които на моменти спекулират с малката посещаемост на мачовете. В мач от надпреварата за купата на лигата срещу Арсенал е бил посетен само от 12 181(48% от капацитета на стадиона). Мениджърите обясняват това с тежките метеорологични условия и факта, че Уигън е град известен с ръгбито.